P. Schwingshackl entstammte einer Bergbauernfamilie aus Welsberg. Nach den Erfahrungen im 1. Weltkrieg – als Kaiserjäger – trat er in den Jesuitenorden ein, und wurde 1924 zum Priester geweiht. 1938 war er in Wien tätig, als Österreich an das Dritte Reich angeschlossen wurde. Die Nazi-Ideologie widerstrebte ihm. Im Lichte des menschenverachtenden Totalitarismus war sein Credo "recht handeln - nie unklug, aber ja nie feige". Im Februar 1944 wurde P. Schwingshackl verhaftet. Dazu meinte er:
Man muss heute schon fast ein schlechtes Gewissen haben, wenn man bei diesem Regime noch nicht eingesperrt ist.Bei seiner Verhaftung fiel der Gestapo ein Brief in die Hände, in dem P. Schwingshackl das Nazi-Regime scharf kritisiert. Der berüchtigte Volksgerichtshofpräsident Roland Freisler verhängte am 16. Dezember 1944 das Todesurteil (Wehrkraftzersetzung). Noch vor dessen Vollstreckung starb P. Johann Schwingshackl in der Nacht vom 27. auf den 28. Februar 1945 in einer Gefängniszelle in München-Stadelheim.